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掛耳包的製作會將咖啡豆先磨成咖啡粉，這會讓咖啡接觸空氣的表面積大大的增加，因此保存不易，最佳賞味期限會縮短到三週左右。
即使使用真空包裝，仍無法遏止咖啡香味的消逝，因為咖啡豆在烘焙完之後，仍然會持續的作用，釋出二氧化碳，因此掛耳包大多會呈現有點鼓鼓的樣子，這表示這包咖啡是在新鮮的時候包裝的，當咖啡裡的二氧化碳釋放完畢之後(約在三週左右)，就會開始釋放香氣，表面上看不出變化，但是咖啡已經慢慢變質，在常溫下放置超過三週的話，咖啡的香氣大概已經所剩無幾了，但因為掛耳包是密封包裝，所以打開的時候仍然可以聞到香味，但是沖泡之後就沒那麼香了。

市面上有很多咖啡豆的包裝會加裝透氣閥，目的是讓咖啡的二氧化碳可以釋放出來，以免包裝因二氧化碳的膨脹而破裂，一方面又可以避免空氣大量進入(還是會進去一些)，許多人會藉著擠壓透氣閥，來試聞味道，在擠出香味時，也同時縮短了咖啡的壽命喔！
而掛耳包若加裝透氣閥，不只成本高昂，也無法延長它的最佳賞味期限。

因此掛耳包的保存最好是能在三週之內喝完，如果三週之內無法喝完，就應該盡早放到冷凍庫保鮮。
例如一次買二十包掛耳包，兩週喝5包的話，在買回來的當天就要將15包冰到冷凍庫，這樣可以減緩那15包咖啡的變質，雖然香味還是會稍微消逝掉一些。
在要沖泡之前最好要回溫半小時左右，或是在前一晚改放到冷藏。

對於將咖啡冷凍這件事，世界各地的咖啡師都有不同意見，有人認為冷凍會讓咖啡吸附別的味道，而且從冷凍庫取出時，會因為溫差使得咖啡受潮。
冷凍咖啡是不得已的做法，只有在咖啡喝不完的時候才這麼做，這的確會比長時間放在常溫下好很多。

一般咖啡豆的保存期限都在一年左右，但是最佳賞味期限其實都在一個月之內，超過一個月之後，香味已經消逝，但仍然可以飲用，有時喝到咖啡有不好的苦味，除了烘焙的因素之外，也有可能是過了最佳賞味期限。